약물 치료는 체질량 지수가 30 이상이거나, 27 이상이면서 비만 관련 질병이 있는 경우 식사 요법과 운동 요법을 병행하면서 3~6개월 정도 시도해 볼 수 있다. 최근 부작용이 적은 약제들이 속속 개발되면서 약물 치료에 대한 관심이 높아지고 있다. 헌재 비만 치료제로 미국 식품의약청(FDA)의 승인을 받은 약으로는 시부트라민(sibutramine; 상품명 리덕틸)과 올리스탯(상품명 제니칼)이 있다. 

 시부트라민은 1997년 FDA 승인을 받은 약제로 1년 이상의 임상시험 결과가 이미 나와있다. 이 약제는 신경전달물질인 세로토닌과 노르에피네프린의 재흡수를 방해하여 식욕 억제 효과로 열량 섭취를 감소시키고 교감신경 항진 작용을 통해 열량 소모를 증가시킨다. 부작용으로 혈압과 맥박을 약간 상승시킬 수 있어 이에 대한 주기적인 관찰이 필요하다. 정상 혈압을 가진 비만 환자의 경우에는 임상적으로 크게 문제가 되지 않지만 고혈압을 동반한 비만 환자에서는 세심한 주의가 요구된다. 그밖에 구강 건조, 변비, 불면, 어지럼증, 오심 등의 부작용이 나타날 수 있으며, 이전에 사용되었던 펜플루라민, 덱스펜플루라민 등에서 간혹 생기는 폐성 고혈압의 위험은 없고, 중독이나 남용의 위험도 없다. 

 올리스탯은 1999년 FDA 의 승인을 받은 리파제(lipase) 억제제로 장관 내에서 리파제의 작용을 억제하며 섭취된 식사 중 지방의 30% 정도를 소화, 흡수시키지 않고 배출시킨다. 올리스탯을 복용함으로써 소화, 흡수되지 않고 대변으로 배설되는 지방량은 약 25~30 g에 해당되며 이로 인한 에너지 손실은 약 200~250 kcal가 된다. 부작용은 대개 장관 내에 국한된 것으로 기름진 분비물 배출, 가스 배출, 절박성 대변, 기름 변 등이 약 20~25%에서 나타난다. 지용성 비타민의 흡수를 감소시키므로 장시간 복용시 종합 비타민을 함께 복용해야 한다. 그밖에 다른 심각한 전신적 부작용은 거의 없는 것으로 알려져 있다.